临沧市农垦局设5个内设机构（正科级）。

　　（一）办公室

　　负责单位日常运转工作；承担市农垦改革发展工作领导小组办公室日常工作；负责局机关行政事务的综合协调和督促检查工作；负责组织和起草审核重要文件和有关综合性材料；参与重大课题调研；拟订机关各项规章制度，落实党组党风廉政建设和意识形态工作安排；承担文秘、收发、督办、文印、办公自动化、信息、档案、保密、信访、保卫、接待、公车管理、公共关系和综合性会议组织等工作；负责局机关人事和工青妇及离退休干部管理服务工作；负责承担上级和局领导交办的其他事项。

　　（二）生产技术科

　　负责指导垦区“四园一场”建设和产业结构调整发展规划，及胶、茶、果、养殖业等产业发展专项计划，研究提出政策措施和建议，并做好协调推进工作；负责指导垦区科技发展规划、重点科技项目攻关和科技成果推广，提出科技进步措施和建议；指导垦区高原特色现代农业建设，协调做好绿色食品、农林资源、农业服务三大主业服务工作；负责承担上级和局领导交办的其他事项。

　　（三）基础建设科

　　负责指导和组织编制垦区基础设施建设改善民生的中长期规划和年度计划；组织协调垦区基础设施项目储备、立项报批、工程实施、监督检查、项目调度等工作；组织开展农场扶贫开发工作和乡村振兴战略的实施；负责农垦统计有关工作；负责承担上级和局领导交办的其他事项。

　　（四）财务科

　　负责编制市农垦局财政预算、决算草案并组织实施；负责管理预算外资金，内部进行财务综合平衡；负责组织垦区企业财务会计报表的汇总上报工作；负责协助市、县国资管理部门做好农垦国有资产的监管工作；负责承担上级和局领导交办的其他事项。

　　（五）社会事务与政策法规科

　　指导垦区综治维稳（平安建设）、应急管理、安全生产等社会事务；指导垦区政策法规事务及普法工作，履行法律顾问工作；负责承担上级和局领导交办的其他事项。